主要区别在于认证依据的标准不同。这些标准的主要区别在农药使用量不同，简单说就是有机产品中禁止使用人工合成的化肥和农药，绿色食品要养活使用农药和化肥，获得无公害农产品认证的产品不使用国家禁止使用的农药和化肥。
对市场上销售的产品，可以从是否使用认证标志上进行识别，三种认证都有各自的认证标志。
此外绿色食品标志上都有有一个对应的编号，可凭编号查出生产企业、产品品种等信息，有机产品认证则除国家标志外还应在包装上使用认证机构标志或注明认证机构名称。
无公害农产品主要以初级产品为主，如猪肉、鸡蛋、大米、蔬菜、水果、鱼类产品等未经加工产品；绿色食品中加工产品较多，如牛奶制品、葡萄酒、饮料、蔬菜、水果及初加工品、肉制品；有机仪器则以蔬菜、水果、茶叶、蜂蜜为主。
